Die Höhle entstand über Jahrtausende, als Meerwasser die südlichen Karbonatklippen der Insel erodierte und einen drei Meter breiten, untergetauchten Eingang sowie ein etwa zwölf Meter tiefes, gewölbtes Inneres hinterließ. Das Sonnenlicht dringt zwischen 10:00 und 13:00 Uhr durch die Öffnung in die Wassersäule ein und bricht sich an suspendierten Kalziumpartikeln, was das charakteristische azurblaue Leuchten erzeugt, dem die Grotte ihren Namen verdankt.
Koločep ist die dem alten Hafen von Dubrovnik am nächsten gelegene Insel des Elaphiten-Archipels und liegt acht Seemeilen nordwestlich der Stadtmauern. Die Insel unterstützte Siedlungen aus byzantinischer Zeit und diente später als Sommerresidenz für den Adel von Ragusa; Spuren von Steinvillen sind noch heute an der Küste oberhalb der Grotte zu finden. Die südlichen Klippen blieben bis ins 20. Jahrhundert hinein auf dem Landweg unzugänglich, wodurch die Grotte als Ziel ausschließlich für Schwimmer und kleine Boote bewahrt wurde.
Eine Bootstour zur Blauen Grotte in Dubrovnik startet typischerweise von Gruž oder dem alten Hafen aus und überquert das offene Wasser zur windgeschützten Südseite der Insel. Die Reiseveranstalter nutzen Schnellboote oder traditionelle hölzerne Gajetas, die beide einen ausreichend geringen Tiefgang haben, um sich der felsigen Küste zu nähern. Die Passagiere schwimmen das letzte Stück – normalerweise acht bis zwölf Meter, abhängig von der Gezeitenlage – durch Wasser, dessen Klarheit horizontal oft mehr als fünfundzwanzig Meter Sichtweite beträgt. Das Innere der Kammer erreicht an der höchsten Stelle vier Meter Höhe, wobei Kalksteinformationen und fossile marine Ablagerungen entlang der Decke sichtbar sind.
Das Fehlen künstlicher Beleuchtung oder angelegter Zugänge hält das Besucheraufkommen gering. Die meisten Bootstouren zur Blauen Grotte in Dubrovnik befördern sechs bis zwölf Passagiere, was genügend Platz im Wasser für Fotos und entspanntes Schwimmen lässt. Die abgelegene Lage der Grotte und der Zugang ausschließlich durch Schwimmen bedeuten, dass sie außerhalb der üblichen Busreise-Routen bleibt und stattdessen diejenigen anspricht, die bereit sind, im offenen Wasser zu navigieren und die Adria ohne Stufen oder Geländer zu betreten.
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